El propio Colón relató que aquella Santa María fue desguazada en 1492 y sus tablas se utilizaron para construir el fuerte Navidad, argumentaron expertos reunidos en las Islas Canarias en un seminario sobre el navegante. "Puede que sea una Santa María, puede que sea la de Colón, pero no es la nao del descubrimiento", de América, afirmó Carlos Martínez Shaw, director de una biografía del navegante.

Un equipo de arqueólogos liderado por el estadounidense Barry Clifford anunció el descubrimiento en Haití de lo que podrían ser los restos de la carabela Santa María, utilizada por Colón para descubrir América. Los historiadores españoles admiten que podría ser otra carabela Santa María y pertenecer incluso a Colón, pero de la del primer viaje, la del descubrimiento, sostienen que existen pruebas de que encalló y dos días después naufragó a poca profundidad.

Colón culpó de ese naufragio a un error del maestre, Juan de la Cosa, dueño del barco y persona de confianza de la reina Isabel la Católica, quien financió el viaje.

Colón, ayudado por los indios, utilizó los restos de la carabela para construir el fuerte Navidad en La Española, la isla que hoy alberga a Haití y la República Dominicana, donde dejó a 39 de sus hombres y regresó a España en dos carabelas. Existe una carta de Colón en la que escribe que dejó a sus hombres bien aprovisionados, con alimentos y con lo suficiente para defenderse.

La Santa María que Colón llevó en su cuarto viaje a América, realizado en 1502, también naufragó. En aquel viaje Colón se quedó sin sus cuatro naves y tuvo que quedarse en América Central, tal como relató en sus escritos su hijo Hernando.

Los expertos españoles están a la espera de que los buscadores privados estadounidenses que dicen haber encontrado la nao del descubrimiento aporten pruebas, como cerámicas, armas y otros objetos del barco. El equipo de Clifford sólo ha realizado hasta el momento trabajos de medición y tomado fotografías en el lugar..