La comunicación fue el 15 de noviembre de 2017 a las 7.19. Pedro Fernández ordenó bajar a 40 metros de profundidad para intentar reparar una de las baterías, evaluar los daños y descansar, debido a un temporal que había castigado al submarino.
La explosión que desencadenó la tragedia se detectó a las 10.31 de ese mismo 15 de noviembre. Se presume que el ARA San Juan explotó por el hidrógeno que liberaron las baterías afectadas por el agua de mar, que había entrada por el snorkel a 40 metros de profundidad.
Fue luego de los 300 metros cuando la nave se empezó a estrujar como una lata de aluminio por la presión del mar.
El teniente de navío Fernando Villarreal y el suspendido jefe de Alistamiento y Adiestramiento Naval, vicealmirante Luis López Mazzeo, presentaron descargos contra el sumario elaborado por el echado jefe de la Armada, almirante Marcelo Srur, quien los acusó de haber permitido zarpar al San Juan, desde el puerto de Ushuaia, pese a que registraba supuestas "severas anomalías".
En la madrugada del 15, a las 00.50, el capitán de navío y ex jefe de la fuerza de submarinos, Claudio Villamide, reveló que habló a través del teléfono satelital Iridium con el comandante del ARA San Juan, quien le informó que "encontraban navegando en superficie" porque habían "tenido un cortocircuito con principio de incendio en la batería de proa, presuntamente por ingreso de agua de mar".
El ARA San Juan tenía 860 baterías que pesaban media tonelada cada una y pueden producir enormes descargar por accidentes, agregó el diario porteño.
Después de que se difundió el sumario secreto, el ministro de Defensa, Oscar Aguad, empezó a analizar si hace anular ese sumario que de ser aprobado sería una prueba clave para la jueza federal de Caleta Olivia, Marta Yáñez, quien investiga la tragedia y deberá definir si hubo responsabilidades penales.
