La recepción de testimonios se regirá por una serie de reglas y principios. Se considerará a niños, niñas y adolescentes como sujetos de derecho y no como objeto de prueba, resguardando su privacidad y brindándoles un trato digno y comprensivo, evitando indagar sobre aspectos reservados a su intimidad.
A través del Protocolo se reconoce que "todo niño, niña o adolescente tiene capacidad para formar su opinión y tiene derecho a expresarla libremente", debiendo ser tenidos en cuenta su edad, género, etnia y condición personal. También que se perturbe su cotidianidad lo menos posible, para lo cual se efectuarán los ajustes que se estimen necesarios.
Al ser citados a declarar se les consignará a los niños, niñas y adolescentes que se trata de un derecho, pero que no están obligados a dar su testimonio. La citación será redactada en forma clara y sencilla, debiendo ser presentada en el domicilio en el que se encuentre residiendo.
La escucha a niños, niñas y adolescentes será ante un representante del Ministerio Público, su abogado/a o una persona de su confianza. Y en caso de que la Magistratura lo considere oportuno, también podrá incorporarse un integrante de los Equipos Técnicos Interdisciplinarios (ETI).
La audiencia tendrá un registro audiovisual y el sistema comenzará a grabar cuando niños, niñas y adolescentes brinden su consentimiento. Será después de que la Magistratura informe, en un lenguaje coloquial y sencillo, sobre el motivo de la convocatoria al Juzgado.
La audiencia podrá suspenderse cuando la Magistratura lo considere pertinente. Y previo a la finalización preguntará a niños, niñas y adolescentes sobre lo que quisieran "que pase en relación a los temas tratados, dando lugar a que expresen sus deseos en relación a los mismos y evacuando sus consultas al respecto".
Según lo dispuesto los niños, niñas y adolescentes deberán permanecer el menor tiempo posible en los Tribunales, "concurriendo al sólo propósito de participar de la audiencia". A tal fin el Protocolo estipuló un lapso máximo de 40 minutos.
Además se estableció la confidencialidad del material, que no podrá ser copiado ni remitido a otros organismos judiciales, con excepción de la Fiscalía con competencia penal "si del contenido surge la posible comisión de un delito perseguible de oficio".