La carrera de Alfaro arrancó en 1992 cuando tenía 30 años. Se había retirado del fútbol y asumió la conducción de Atlético Rafaela junto a Victor Bottaniz en 1994, luego de trabajar en las divisiones inferiores. Fue subcampeón en el Nacional B 94-95 que ganó Estudiantes de La Plata.
Luego, dirigió a Patronato, en el año 1998 y si bien sólo estuvo seis meses al frente del equipo que disputó ese año el viejo Argentino A, su paso fue positivo y casi logra el ascenso a la Primera B Nacional.
Alfaro se hizo cargo de un equipo complicado en el certamen nacional y por muy poco, casi logra el ascenso en un recordado encuentro ante Villa Mitre en el Grella en el cuál no tuvo la posibilidad de clasificar a la segunda categoría. Esa temporada el ascenso quedó en manos de Gimnasia y Esgrima de Concepción del Uruguay.
En la primera etapa en Arsenal conquistó la Copa Sudamericana 2007. Un par de años después volvió y fue campeón del Torneo Clausura 2012, la Supercopa Argentina 2012 y la Copa Argentina 2013.
Antes de llegar a Huracán, donde dirigió al Globo más de un año y consiguió buenos resultados, tuvo pasos por Tigre y Gimnasia de La Plata.
A horas de un nuevo año, lo encuentra al santafesino en uno de los desafíos más importantes de su carrera.
