Solamente en dos ocasiones el Rojinegro pudo meterse entre los 32 mejores equipos del certamen más federal del futbol argentino, y en el Superdeportivo repasamos las presentaciones del Santo en cada edición del torneo integrador.
La Copa Argentina se disputó por primera vez en 1969, donde Boca se coronó campeón al superar en la Final a Atlanta, en tanto que su edición posterior, desarrollada en 1970 tuvo a San Lorenzo y Vélez Sarsfield como finalistas, pero el encuentro nunca se realizó y el título quedó vacante. Patronato no participó en ninguna de estas dos torneos.
Tras un parate de 31 años, la competencia se reeditó en la temporada 2011/12, donde se registró una de las mejores actuación del Rojinegro en la historia del el certamen.
El debut de Patronato, que en ese momento militaba en la Primera B Nacional, fue ante Newell's Old Boys, por los 32vos de Final, en el estadio Brigadier Estanislao López de Colón de Santa Fe, encuentro que terminó igualado 0 a 0 en los 90 minutos reglamentarios y que se definió en la serie de penales, donde el elenco entrerriano se impuso por 5 a 4 obteniendo el pasaje a la siguiente instancia.
Luego de la victoria frente a la Lepra, el Santo se enfrentó a Racing, por los Dieciseisavos de Final, en el estadio Padre Ernesto Martearena de Salta, donde la Academia se llevó la victoria por 3 a 1.
En la temporada 2012/13 Patronato ingresó en la Etapa Preliminar de la Fase Final de la instancia en las que participaron 16 equipos de la B Nacional, donde quedaron exceptuados Huracán, Ferro, Rosario Central y Banfield, preclasificados directamente a la Etapa de Eliminatorias de esta Fase Final, por haber sido campeones en Primera División.
En esta llave, el Rojinegro consiguió su segunda victoria en la historia de la Copa Argentina, al derrotar por 2 a 0 a Nueva Chicago en el Presbítero Bartolomé Grella. Así, el elenco paranaense se metió en la Ronda Previa a la llave decisiva, donde cayó Tristán Suárez en los penales por 10 a 9, luego de empatar 2 a 2 en el tiempo reglamentario, en duelo que se llevó a cabo en el estadio Ciudad de Vicente López, del Club Atlético Platense, poniendo fin a su segunda participación.
En la edición 2013/14 del certamen federal, la participación del Santo fue breve, ya que cayó en su debut, otra vez en una la tanda de penales, ante Instituto de Córdoba por 5 a 4, tras la igualdad por 2 a 2 en los 90 minutos del choque que se desarrolló en el estadio Mario Alberto Kempes, enmarcado en la Fase Final II donde el elenco entrerriano ingresó como uno de los 14 equipos del Nacional B.
En el torneo que se desarrolló entre 2014/15 Patronato arrancó su participación directamente en 32vos de Final, siendo uno de los 20 clubes de la Primera B Nacional que entraron a esta instancia directamente. Allí se topó con Temperley, en el estadio julio Humberto Grondona de Arsenal de Sarandí, donde el encuentro finalizó 1 a 1 y la serie desde los doce pasos, como en las dos ediciones anteriores, le volvió a ser adversa, con muchos fallos en la ejecución, al punto de terminar perdiendo 2 a 0 con el Gasolero, despidiéndose de la competencia.
Luego de tres ediciones consecutivas quedando eliminado mediante definición por penales, en la temporada 2015/16, la suerte del Patrón iba a cambiar, ya que en el cotejo correspondiente a los 32vos de Final de esa edición, el elenco del barrio Villa Sarmiento iba a cosechar el tercer triunfo de su paso por el certamen integrador, al derrotar en la tanda de disparos desde los once metros por 4 a 2 a Villa Dálmine, en un duelo que se disputó en el estadio Eva Perón de Junín.
Pero la ilusión del elenco paranaense duraría sólo hasta la siguiente instancia, donde debía enfrentar a Lanús, nuevamente en el estadio del Arse de Sarandí, y cayó por 2 a 0.
Finalmente, el torneo que se llevó a cabo, en la temporada 2016/17, tuvo al Negro por primera vez desde su reedición, como uno de los equipos de Primera División, y allí, el representante entrerriano en la máxima categoría del fútbol argentino, tuvo su estreno ante Deportivo Morón, en la cancha de Banfield, donde no pudo continuar, ya que perdió 2 a 0, dejando la competencia tempranamente en 32vos de Final.
Ahora, Patronato tiene en esta temporada 2017/18, la chance de igualar sus mejores presentaciones en la Copa Argentina, midiéndose ante San Martín de Tucumán. Con plantel renovado y grandes expectativas, el Patrón buscará seguir adelante plasmando su nombre en el fútbol grande de nuestro país.
