El jugador habría tenido un problema con uno de los colaboradores del cuerpo técnico de Domínguez y por eso el DT lo apartó del resto de sus compañeros y le ordenó trabajar solo, a contra turno, junto a un preparador físico del club. Finalmente el delantero no estuvo ninguno de los dos días a la hora citada y tampoco notificó los motivos de su ausencia.
Brian Fernández llegó el 8 de enero al club de sus amores de la capital de Santa Fe, cuando al equipo lo dirigía Diego Osella. Debutó el 2 de febrero en la derrota ante Banfield, el equipo no encontraba su mejor versión y estaba por el fondo de la tabla. Luego llegó la pandemia y el parate, además el regreso de Eduardo Domínguez, que se propuso recuperarlo.
En la tercera fecha de la Copa Diego Maradona se lo pudo volver a ver en la cancha, en la cuarta sumó una asistencia a Facundo Farías, en la quinta hizo el gol contra Independiente y en la última de la fase de grupos fue titular ante Central Córdoba y le hicieron el penal que convirtió el Pulga Rodríguez.
Previo al duelo con Gimnasia en la primera fecha de la Fase Campeón el club informó un problema gastrointestinal, salió de los convocados y comenzaron las ausencias. Hasta el entredicho con el colaborador de Domínguez que sería un punto de inflexión en la relación.
