Las iniciativas contemplan la implementación del nuevo Código; la reforma a las leyes orgánicas de los ministerios públicos Fiscal y de la Defensa; de organización y competencia de la Justicia Federal y Nacional Penal; de una iniciativa que incorporar "diversas causales de suspensión del juicio a prueba" en el Código Penal y el Régimen de Subrogancias.
Durante las tres semanas en las que se debatieron, los proyectos sufrieron algunas modificaciones, entre las que figuran varios cambios a la Ley Orgánica del Ministerio Público Fiscal de los cuales se destaca la creación de una Procuraduría Especial para la investigación de la apropiación de niños nacidos en cautiverio durante la última dictadura.
Asimismo, se agregó la facultad de la Procuraduría de realizar investigaciones genéricas ante delitos que no tengan imputados señalados.
También se cambió la Ley Orgánica del Poder Judicial, con la intención de que ese proyecto entre en vigencia en la totalidad de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, y no por distritos porteños, como decía la iniciativa originalmente.
Asimismo, la Ley de Implementación del Código Procesal Penal elimina la creación de la Comisión de Implementación del Código y le otorga esa facultad a la actual Bicameral de Implementación y Monitoreo del Código que tendrá un organismo asesor que estará integrado por funcionarios judiciales y técnicos en materia de justicia.
Además, el nuevo régimen de subrogancia establece que sólo el Consejo de la Magistratura puede designar a jueces subrogantes de entre la lista de conjueces que exista en cada jurisdicción. Esa lista se conforma por abogados de la matrícula federal y por todos los secretarios de Cámaras Federales. De no haber lista de conjueces, el Consejo de la Magistratura podrá "excepcionalmente" y por un plazo de hasta 90 días, designar a subrogantes que no formen parte de la lista de conjueces.
Los senadores atrasaron la entrada en vigencia del Código al 1 de marzo, desde el 1 de septiembre que era la fecha acordada originalmente.
En tanto, en las reformas se eliminó la categoría de "relator" dentro de las Fiscalías Nacionales de Primera Instancia y se estableció que los demás cargos serán creados por la carrera judicial, el escalafón y el examen.
"Esta era una demanda importante de muchos sectores. De esa manera, se va a transparentar cómo va a ser acceso del personal y que estas designaciones no dependan de su titular, sino que quedaban incorporadas a escalafón judicial", mencionó el presidente de la Comisión Bicameral de la Implementación y Seguimiento del nuevo Código, el oficialista salteño Rodolfo Urtubey. El senador indicó que de ese modo "se cumple con la Ley de Acceso Democrático a la Justicia" y reiteró que se "excluye a los funcionarios del arbitrio de los titulares de dichas unidades"."Llevó extensísimas jornadas escuchar a todas las instituciones, a los juristas y a los gremios. Pero ha sido muy enriquecedor el debate", sostuvo Urtubey.
Sin embargo, los bloques de la oposición, si bien respaldaron el resto de las iniciativas, anticiparon que no iban a aprobar la Ley Orgánica del Ministerio Público Fiscal. El radical Angel Rozas dijo que la cabeza de la Procuración posee "gran concentración de facultades". "Acá hay que confiar en la buena fe del Procurador General de la Nación, pero el sistema no garantiza por sí mismo la objetividad y la transparencia que se debe requerir. Los fiscales de distrito están puestos a dedo por el Procurador", sostuvo.
Por su parte, la peronista disidente Liliana Negre de Alonso mencionó que el Ministerio Público Fiscal es "poderosísimo" y que "hasta tiene facultades para actuar en conflictos entre la Nación y las provincias".