Gustavo debutó como arquero en primera división profesional con la casaca alba en la Copa Libertadores de 1997. En ese mismo año, también estuvo presente en la Selección uruguaya sub-20, siendo titular en el Sudamericano de Chile y Mundial de Malasia, mundial en el que consiguió la medalla de plata con la selección celeste.
En el decano del fútbol uruguayo ganó los campeonatos uruguayos de 1998, 2000, 2001, 2002, 2014 Y 2015 y fue el arquero que posee el récord de valla invicta en Nacional con 963 minutos, récord logrado en el campeonato apertura de 2003, el cual se consagró campeón. Sus buenas cualidades técnicas para golpear el balón con el pie lo llevaron a convertir 3 goles.Gustavo Munúa es el nuevo Director Técnico Tatengue
— Club Atlético Unión (@clubaunion) September 28, 2021
El Ex entrenador de Nacional de Uruguay llegará al país este fin de semana y será presentado al plantel
¡Bienvenido al Club Atlético Unión Gustavo, muchos éxitos para vos y todo tu cuerpo técnico! pic.twitter.com/tcleA60nYw
Su excelente actuación como portero de Nacional hizo que muchos clubes de alta categoría a nivel mundial anhelaran tenerlo en su plantilla. En 2003 emigró al Real Club Deportivo la Coruña en el cual estuvo 6 años. En 2009, tras finalizar contrato con el Deportivo de la Coruña, ficha por el Málaga CF por una temporada. El 6 de agosto de 2010 se confirma su fichaje por el Levante UD para la temporada 2010/11 hasta la temporada 2012/2013. El 28 de mayo de 2013 y ficha por la A.C.F Fiorentina para las siguientes dos temporadas.
