El año pasado, la Justicia lo condenó a prisión perpetua junto a Santiago Omar Riveros y otros cinco acusados, que recibieron penas de entre 3 años y perpetua, por la causa que investigaba los delitos ocurridos entre 1976 y 1977 en el Colegio Militar de la Nación, de los cuales resultan ser víctimas conscriptos que se encontraban efectuando el servicio militar obligatorio. El fallo estuvo a cargo del Tribunal Oral en lo Criminal Federal N° 1 de San Martín, integrado por los jueces Marta Isabel Milloc, Diego Gustavo Barroetaveña y María Lucía Cassaín.
Bignone también se sentó en el banquillo y recibió una de las mayores condenas por parte del Tribunal Oral Federal N° 1, en el marco del juicio oral por crímenes de lesa humanidad cometidos dentro del Plan Cóndor y Automotores Orletti, en Tribunales federales de Retiro. En 2016, 14 ex jefes militares y de inteligencia argentinos y uno uruguayo fueron condenados a penas de entre 25 y 8 años de prisión por más de un centenar de privaciones ilegítimas de la libertad y cometidos en el marco del llamado Plan Cóndor, juicio que se inició en 2013 cuando Jorge Rafael Videla aún estaba con vida.