El nuevo formato del torneo, que desde este año es anual y no semestral, definió que los cruces de la segunda etapa ya no sean como antes, cuando se ordenaban del 1° al 16° los clasificados y el mejor iba con el peor, y así sucesivamente. Ahora hay que ir al bolillero y eso se hará en la sede de la Conmebol en Paraguay.
Los ocho líderes de los grupos (Atlético Mineiro, el Grana, Gremio, el Millonario, Palmeiras, Santos, Botafogo y el Ciclón) irán a un bombo, y se enfrentarán contra los segundos de las zonas (el Tomba, Guaraní, Emelec, Barcelona de Guayaquil, Atlético Paranaense, The Strongest, Jorge Wilstermann y Nacional.
Podrá haber cruces entre equipos del mismo país, e incluso entre equipos que se vieron las caras en la ronda anterior. Para las instancias siguientes (el cuadro quedará determinado también con este sorteo), la localía en la ida será para el que haya tenido peor rendimiento en la fase de grupos.
Los octavos de final se disputarán entre el 4 de julio y el 10 de agosto, pese al reclamo de los argentinos ya que no estarán en competencia y en plena pretemporada. Del 12 al 21 de septiembre se disputarán los cuartos; las semifinales se jugarán entre el 25 de octubre y el 2 de noviembre, y las finales serán el 22 y el 29 de noviembre.
