El Mellizo llega al Calcio luego de su primera experiencia como entrenador, en Lanús. En el Granate trabajó desde mediados de 2012 hasta finales de 2015 y consiguió un título: la Copa Sudamericana 2013.
Luego de anunciar el final de su ciclo, sonó como posible director técnico de Boca y también de Racing. Sin embargo, se mantuvo ajeno a las versiones periodísticas (y comentarios de dirigentes) hasta esta confirmación en Palermo.